Через год после неудавшейся попытки выдать дочь за шведского принца Борис Годунов через послов получил согласие датского короля Христиана IV на брак своего брата Иоанна с царевной Ксенией. Датский принц герцог Иоанн должен был навсегда поселиться в России в уделе, который пожалует ему тесть. Иоанну было обещано Тверское княжество. 6 августа 1602 года датский принц на нескольких кораблях в окружении многочисленной свиты, доходившей числом до четырехсот человек, прибыл в Ивангород. Отсюда его путешествие до Москвы было настоящим праздничным шествием. На каждой остановке по русскому обычаю хлебосольно и предупредительно угощали его и всю его свиту. При въезде в города принца Иоанна встречали пушечными выстрелами, отдавая почести высокому гостю и торжественно приветствуя от имени царя. Принц Иоанн ехал через Новгород, Торжок, Старицу, его сопровождали боярин Михаил Салтыков и дьяк Афанасий Власьев, хорошо знакомые с иноземными обычаями. Ехали медленно, делая не более тридцати верст в день, Иоанн беседовал с сопровождавшими его боярином и дьяком, узнавал от них о гражданском и церковном устройстве в Московском государстве. 19 сентября 1602 года принц Иоанн прибыл в Москву. Утром, перед въездом в стольный град его встретил посол Михаил Татищев, который привел ему в подарок от царя Бориса Годунова прекрасную серую лошадь со сплошной серебряной сбруей и с позолоченным, украшенным драгоценными камнями оплечьем на шее. На этом царском аргамаке принц Иоанн подъехал к Москве, где его встречало с большой торжественностью множество народа и десять тысяч русских всадников, одетых так нарядно, что, по впечатлению очевидцев, казалось, будто поле за Москвой превратилось в «золотую гору, покрытую различными цветами», а прибывшие иноземцы «с великим удивлением взирали на пышность и великолепие московитов». Когда принц Иоанн и его свита въехали в город через Тверские ворота, зазвонили сразу все московские колокола и на улицы высыпали празднично разодетые люди. Принца со свитой проводили в Китай-город и поместили в лучшем доме, заранее для него приготовленном. Царь Борис и сын его Федор видели свиту датского принца с кремлевской стены, откуда наблюдали за торжественным въездом герцога Иоанна в Москву. А 28 сентября 1602 года, когда гости устроились и отдохнули после дальней дороги, принца Иоанна со всей свитой пригласили на обед в Грановитую палату. Царь Борис и царевич Федор обняли представшего перед ним принца Иоанна как родного. Во время обеда царь во всем величии восседал на золотом троне, за столом рядом с ним были его сын, царевич Федор, и принц Иоанн как будущий зять. Кроме членов царской семьи, никто не мог сидеть рядом с государем. Они втроем сидели за одним столом, а кругом стояли столы, где каждый занимал место по своему чину. Пир длился от полудня до ночи. Борис Годунов долго беседовал с датским принцем о его брате-короле и других государях и трижды пил за здоровье герцога Иоанна. По окончании пира царь и царевич сняли с себя золотые цепи и возложили на датского принца. В тот же день было решено совершить бракосочетание в начале зимы. Царевны Ксении здесь не было, так как по известному русскому обычаю того времени она, как невеста, не могла до свадьбы видеть своего суженого лицом к лицу. Но она видела его из тайной «смотрильной палатки», специально устроенной в Грановитой палате для царских особ женского пола. По единодушному мнению современников, принц Иоанн был красивый, статный юноша. Умный, скромный, обходительный, он понравился Борису Годунову. Приятное впечатление произвел принц Иоанн и на царевну Ксению.

Вскоре после представления принца Иоанна русскому царю семья Годуновых поехала в Троице-Сергиевскую обитель помолиться о счастье Ксении. Датский принц герцог Иоанн остался в Москве. Он решил употребить время отсутствия царя с семейством на изучение русского языка, за который он принялся ревностно, и даже говорил, что желает принять православную веру.

Невеста Ксения, бывшая с родителями на богомолье, прислала в дар жениху, по русскому обычаю, богато убранную постель и белье, расшитое серебром и золотом. Ежедневно слали гонцов из Москвы к царю Борису и обратно из Троицы — к принцу Иоанну. 16 октября, находясь в Братошине на пути из Троицы, Борис Годунов узнал о внезапной болезни принца. Приехав в Москву, царь стал умолять врачей и своих, и прибывших с принцем из Дании спасти дорогого будущего зятя и сулил за его выздоровление великие милости. Борис Годунов дал обет: если принц останется жив, то он отпустит на свободу четыре тысячи узников, а также велел раздавать нищим богатую милостыню. Поначалу врачи уверяли царя, что болезнь герцога Иоанна не опасна и излечима. Но ему становилось с каждым днем хуже. 27 октября Борис Годунов посетил больного принца Иоанна. И когда нашел его очень слабым, то стал горько плакать и жаловаться у его постели. Один из членов датской свиты услышал и записал в дневник слова русского царя: «Заплакала бы и трещина в камне, что умирает такой человек, от которого я ожидал себе величайшего утешения, — восклицал Борис Годунов. — В груди моей от скорби разрывается сердце». Царь приехал к нареченному зятю и на следующий день. Принц Иоанн был без сознания и бредил. Царь сильно предавался горю и не отходил от его постели. К вечеру жар усилился, и 29 октября в два часа ночи, не приходя в сознание, принц скончался. Ксения, услышав о смерти своего жениха, сильно убивалась по нему, а Борис Годунов сказал ей: «Погибло, дочь, твое счастье и мое утешение». В трагедии А. С. Пушкина безутешная Ксения Годунова, целуя портрет умершего жениха, произносит:

Милый мой жених,

Прекрасный королевич,

Не мне ты достался,

Не своей невесте,

А темной могилке

На чужой сторонке...

Ксения осталась невестой-вдовой. В последующие годы обстоятельства складывались так трагически, что царю Борису Годунову было уже не до искания женихов.

В 1603 году после нескольких неурожайных лет в Российском государстве начался невиданный по масштабам голод. Многие богатые люди, имея большие запасы старого хлеба, отказывались продавать зерно, придерживая его в эгоистических целях наживы и требуя за него большие деньги. Цены на хлеб стремительно росли почти до 1605 года. Цена на рожь поднялась в 20 раз. Основная часть населения не могла покупать такой хлеб. Правительству Бориса Годунова не хватило твердости, чтобы сломить сопротивление богатых монастырей и бояр, отказавшихся поделиться хлебными излишками в условиях неурожая. Не удалось ему ввести твердые цены на хлеб и обуздать бешеную спекуляцию зерном. Однако сам Борис Годунов не жалел средств на борьбу с массовым голодом. Чтобы прокормить население, он организовал оплачиваемые общественные работы в Москве и приказал ежедневно раздавать нуждавшимся денежную и хлебную милостыню. Услышав о такой царской щедроста, народ толпами устремился в Москву, отчего голод в столице лишь усилился. За два года голода на трех больших братских кладбищах, или «скудельницах», было погребено 127 тысяч умерших. Количество погибших во всех городах и селах было так велико, что современники утверждали: в голодные годы вымерла «треть царства Московского». Ожесточение и отчаяние порождало сначала разбои и грабежи, а затем голодные бунты неимущих, восстания и междоусобные войны.

Именно в это время в Польше объявился самозванец — Лжедмитрий. Оживили идею о чудесно спасшемся царевиче Дмитрии политические противники Бориса Годунова. Но стремительным успехам авантюриста-самозванца способствовали не только покровительство польского короля Сигизмунда III и поддержка русских бояр-изменников, но и настроения и ожидания русского народа, в сознании которого слухи о спасшемся «прирожденном государе», младшем сыне Ивана Грозного, превратились в утопическую веру в «доброго царя». Трагедия заключалась в том, что молва эта, попав в народную среду, распространилась быстрее морового поветрия. А между тем под именем законного наследника русского престола к власти шел неразборчивый в средствах самозванец-авантюрист и изменник, который еще до вступления на Русскую землю заключил тайные соглашения с Сигизмундом III о передаче Речи Посполитой обширных территорий и огромных богатств Московского государства. Кроме того, перейдя в католическую веру, самозванец-вероотступник обещал своим польским покровителям привести все «православное царство Московское» в католичество за год и жениться на подданной польского короля, Марине Мнишек, дочери Юрия Мнишека, который представил Лжедмитрия Сигизмунду III.

Подлинное имя и историю самозванца Лжедмитрия московские власти установили очень быстро. Знала об этом, конечно, и Ксения. «Дмитрием» называл себя беглый монах-расстрига Григорий Отрепьев, которого обличили его мать, родной брат и дядя. В августе 1603 года Борис Годунов через Посольский приказ обратился к первым польским покровителям самозванца с требованием выдать «вора». Однако внутри России появление самозванца долго замалчивалось, слухи о нем беспощадно пресекались. И это понятно. Они порочили правителя Бориса Годунова, объявляя его причастным к гибели царевича Дмитрия, который умер во время приступа эпилепсии в Угличе в 1591 году, за семь лет до того, как царем был избран Борис Годунов. Открытое обличение самозванца в стране началось лишь тогда, когда Лжедмитрий вторгся в Россию. Но они уже не могли искоренить слухи о вновь объявившемся претенденте на русский престол — царе-избавителе.

Первое вторжение Лжедмитрия, поддержанное польским королем, в 1605 году потерпело полный крах. Быть может, династия Годуновых так и не была бы сброшена с трона проходимцем-самозванцем, если бы не внезапная смерть царя Бориса. Только близкие родственники, наверное, понимали в полной мере, что злобная клевета, обвинявшая Бориса Годунова в убийстве последних членов законной династии, включая царя Федора Ивановича и царевича Дмитрия, подрывала его здоровье сильнее, чем последние трудные годы правления. Царь Борис стал тяжело болеть с 1602 года. В 1604 году его постиг первый паралитический удар, несколько недель Борис Годунов не выходил, а когда появился, то волочил за собой ногу. 13 апреля 1606 года еще далеко не старый Борис Годунов скоропостижно скончался от апоплексического удара.